Окончил Московский Физико-технический институт (МФТИ), факультет Физической и квантовой электроники (1993-1996 годы), факультет Управления и прикладной математики (1996-1999 годы), квалификация — «инженер-физик» по специальности «Прикладная математика и физика»
С 2002 года — ведущий специалист в области информационно-компьютерной техники в Институте ЮНЕСКО по информационным технологиям в образовании. (ИИТО ЮНЕСКО — http://ru.unesco.org)
С 2004 по 2006 годы — Исполнительный директор, а с 2007 года — директор конкурса «Премия Рунета».
С 2005 года по настоящее время — координатор Программных комитетов ряда крупнейших отраслевых конференционных мероприятий, включая Российский Интернет Форум (РИФ), Russian Internet Week (RIW) и др.
С 2005 по 2007 годы — заместитель исполнительного директора Регионального общественного центра интернет — технологий (РОЦИТ — www.rocit.ru) — старейшей общественной организации, занимающейся экспертизой, популяризацией и развитием ИКТ-сегмента в Российской Федерации, представлением интересов интернет-пользователей. В 2007 году избран исполнительным директором РОЦИТ.
С 2005 года — идеолог создания Ассоциации электронных коммуникаций («РАЭК» www.raec.ru), представляющей интересы российских интернет — игроков. С 2006 первый заместитель генерального директора НП «РАЭК».
В период 2011-2013 гг — член Совета Координационного центра национального домена сети Интернет RU/РФ — www.cttld.ru. С 2010 года — директор Ассоциации электронных коммуникаций (РАЭК).
Сергей Плуготаренко — директор Ассоциации электронных коммуникаций (РАЭК), признанный эксперт российской интернет-отрасли.
В качестве директора Ассоциации представляет интересы российского интернет-бизнеса, способствует обеспечению максимально продуктивного диалога между государством, обществом и интернет-отраслью.
Был признан «Человеком года» по версии интернет-награды «РОТОР 2009».
В 2016 году Сергей Плуготаренко был награжден премией «Медиа-менеджер России» в номинации «За вклад в развитие отрасли».
В 2017 году Сергей стал лауреатом награды Virtuti Interneti — «За заслуги в сфере интернета».
Является идеологом и программным директором российских интернет-конференций, форумов и наград Рунета уже более 13 лет:
а также является идеологом ряда исследовательских и аналитических продуктов, среди которых исследование «Экономика Рунета», ежегодный отраслевой отчет «Рунет сегодня: события, цифры, факты») и т.д.
Участвует в качестве эксперта в работе профильных отраслевых и государственных комиссий, рабочих групп, общественных и экспертных советов при органах государственной власти
(Госдума РФ, Совет Федерации РФ, Минкомсвязь России,Роскомнадзор, Роспечать и др.)